Druhá perioda Nietzschova působení je velmi krátká. Je najednou poznamenána rysy tehdejší pozitivistické vědy, jež pokračovala v osvícenské střízlivosti. Je ostře protimetafysická a nechce ani slyšet o náboženství, umění, etice. Jen věda a vědecké poznání nyní Nietzsche zajímá. Bez milosti kritizuje své dřívější modly Schopenhauera a Wagnera. Opakuje si stále: Staň se tím, kým jsi, neočekávej hlubší kulturní obrodu z Bayreuthu, kde Wagner oslavuje náboženské a filosofické omyly lidstva. Obrodu lze čekat jen od vědy.

Do tohoto Nietzschova vědeckého usilování silně zasáhne darwinovská přírodověda se svým evolucionismem, vedoucím — pokud je protiracionalisticky pojat — k biologizujícímu pohledu na člověka. A ten Nietzsche plně zaujal a uchvátil. V jeho smyslu vytváří pak svou filosofii, včetně nauky o nadčlověku. Ale předtím ještě musí dojít k vnitřnímu obratu.

Pro tento obrat je příznačný spis Lidské, příliš lidské, (Menschliches, Allzumenschliches), psaný v letech 1876—79. Mezi Nečasovými úvahami a tímto spisem leží „krize a svlékání kůže“, jak se Nietzsche sám ex post vyjádřil. Žil totiž v nejbližším sousedství smrti. Aforisticky psané dílo nese podtitul „Kniha pro svobodné duchy“. Je to jakási filosofie člověka. Jedná o všem možném: o svobodě a spravedlnosti, o dobru a zlu, o pravdě a lži, o soucitu, studu, naději, o náboženství, zvláště křesťanském, o kultuře vůbec, o umělci, básníku, spisovateli, géniovi, o vědě a vědění, o státu, právu, vládě, národech i socialismu, jakož i o ženě, lásce, přátelství a mnohém jiném. Nietzschovo přemítání vychází z podezíravého a pohrdavého pohledu na svět. Chce žít. A aby mohl žít, chytá se všeho. Co nenachází, chce si vynutit. Zklamán soudobou morálkou, potřebuje v něco věřit. Uznává za užitečné i klamy, iluze. Jako nenapravitelný imoralista mluví i zde „jenseits von Gut und Böse“ (mimo dobro a zlo). Hledá jistotu a zdraví. Chce se stát pánem nad sebou i nad svými ctnostmi, jimž nechce podléhat. Uvažuje, co člověk je a čím by se mohl stát. Je to příprava k Zarathustrovi.

Než se však pustí do Zarathustry, napíše rychle za sebou Zoru (Morgenröte, 1880 či 1881) a Radostnou vědu (Fröhliche Wissenschaft, 1882), díla sebezáchovná. Zoru (Myšlenky o morálních předsudcích) koncipuje na smrt nemocen, kdy lékaři už rezignovali, Radostnou vědu pak (la gaya scienza) v jasných slunných dnech lednových v Janově, kdy mu svítala naděje na uzdravení. Oba spisy autor později označil jako „úvod, přípravu a komentář“ k Zarathustrovi, komentář tedy napsaný před vlastním textem. Pak už následuje hlavní dílo Nietzschovo, filosofická báseň Tak pravil Zarathustra (Also sprach Zarathustra, 1883—85), jež je jádrem jeho tvorby v periodě třetí, poslední. Máme-li dobře pochopit její smysl, musíme znát také dobře jejího autora a způsob jeho filosofování.

Nietzsche byl samotář. Miloval zvláště vysoké hory s ostrým povětřím. Prchl jednou dokonce z té „zapařené koupelny“, jak nazval Itálii, aby „v největší odloučenosti od lidí a společnosti vedl poklidný a přemítavý život v silném, ba rezavém vzduchu“. A jindy, kdy si pochvaluje Horní Engadin s jezerem u městečka Sils-Maria, kam se vždy znova vracel, píše: „Nemůže být kolem mne dost ticha, výše a samoty, abych mohl vnímati své nejvnitrnější hlasy.“ Mýlil by se však, kdo by myslil, že jde o únik světu. Nietzsche nehledá klid, mír, štěstí. Hledá „jen pravdu, i kdyby byla nejvýš odstrašující a ošklivá“. Nejlépe se mu přemýšlelo při rychlé chůzi na nekonečných samotářských procházkách. Hledá přitom jen „trochu svobody, trochu skutečného vzduchu života“ a bouří se „proti mnohému… nesvobodnému“, co na něm lpí. Cítí se učencem, filosofem a umělcem v jednom. Pěstuje-li „samotářskou morálku“ (morale di solitari), pak proto, aby byl užitečný. Myslitelský poklid i vzruch potřebuje, aby mohl pronikavě poznat své poslání, jež musí splnit. Proto miluje filosofickou skrytost života a prahne po sobě (ich lechze nach mir). Chce žít tak, jak myslí, a to, co si myslí, chce přesně vyjadřovat. Nazývá se sám protimorálním filosofem, jemuž jsou nutně zakázány dvě věci: lítost a morální rozhořčení. Neboť chce a musí být nelítostným kritikem celé soudobé kultury.

Z tohoto zaměření tedy vyrostlo hlavní Nietzschovo dílo Tak pravil Zarathustra. Mělo původně „tři akty“, části, z nichž každá byla napsána asi za deset dní. Brzy k nim připojil ještě část čtvrtou, jakési „sublimní finále“ pro hrstku intimních přátel. Chtěl ji vytisknout ve dvaceti exemplářích. Sám odhalil smysl svého Zarathustry jen nejbližším přátelům. Gersdorffovi píše: „Nedej se oklamat legendárním způsobem této knížky: za všemi těmi prostými a zvláštními slovy stojí má nejhlubší vážnost a má celá filosofie. Je to začátek, jímž se chci dát poznat — ne víc!“ A Erwinu Rohdemu: „Je to jakýsi druh propasti budoucnosti, něco hrůzného, zvláště ve své blaženosti. Vše je v něm moje vlastní, bez vzoru, srovnání, předchůdce; kdo v tom jednou žil, ten se zase vrátí do světa s jinou tváří.“ Nietzschovi však jeho dílo ještě nebylo definitivním vypracováním jeho filosofie. Bylo mu jen jakousi předsíní (Vorhalle) k ní. Přemýšlel však a usilovně filosoficky pracoval dál. Vydal ještě řadu spisů a zanechal bohatou literárně filosofickou pozůstalost, nám dnes lehce dostupnou.

Vše, co bylo napsáno po Zarathustrovi, je jen dalším rozvíjením a komentováním předešlého. Ani sloh se příliš nemění. Jsou to aforistické nápady či útržkovité odstavce myšlenek. Za myšlenkově „nejdalekosáhlejší a nejdůležitější“ spisy tu Nietzsche pokládá dva. Jednak „předehru k filosofii budoucnosti“, napsanou v létě 1885 pod názvem Mimo dobro a zlo (Jenseits von Gut und Böse), jež sice říká totéž co Zarathustra, „ale jinak, velice jinak“, jednak polemický spis Ke genealogii morálky (Zur Genealogie der Moral, z července 1887), jenž obsahuje „morálně historické studie“, související těsně s knihou předešlou. Pak následují již jen drobné spisky, dodatečně osvětlující leccos z minulosti. Je to Případ Wagner (Der Fall Wagner, 1888) a současně chystaný spisek s ironickým názvem Soumrak bůžků, aneb jak se filosofuje kladivem (Götzendämmerung oder:wie man mit dem Hammer philosophiert), Nietzschova „filosofie in nuce—radikální až k zločinu“. Doplněním k tomu je ještě Nietzsche kontra Wagner. Pak už jsou jen poslední náčrty, zatemnělé postupující chorobou, jež však dosud připouští bleskově přízračné pohledy do básníkova nitra: krutá autobiografie Ecce homo a Antichrist, proklínající křestanství. Mimoto zanechal Nietzsche básnické Dithyramby na Dionýsa.

Vraťme se však k Zarathustrovi. Neuspokojen vědou, vrací se tu Nietzsche v tomto období opět k umění. Ale to, čím ve vědeckém údobí prošel, se mu neztrácí. Zůstává ovlivněn soudobým přírodovědeckým scientismem i s jeho pozitivistickou gnoseologií. Oslavuje svět smyslový, odmítá každou metafysiku. Není nějakého „pravého světa“ mimo tento svět či za tímto světem, jak se říkalo. Bůh je mrtev. Přestože to je pro vyznavače vysněných světů náboženských a filosofických bolestné, musíme se pevně postavit na tuto zemi a smířit se s tím, že není posmrtný život a osobní nesmrtelnost. Svět je konečná suma elementů a sil v nekonečném čase. Tyto elementy se neustále nově přeskupují a kombinují, vytvářejíce střídající se ,,stavy světa“ (Weltzustände). Jejich počet je ovšem konečný čili opakují se. Po vyčerpání všech možných kombinací musí opět dojít k náVydal ještě řadu spisů a zanechal bohatou literárně filosofickou pozůstalost, nám dnes lehce dostupnou.

Vše, co bylo napsáno po Zarathustrovi, je jen dalším rozvíjením a komentováním předešlého. Ani sloh se příliš nemění. Jsou to aforistické nápady či útržkovité odstavce myšlenek. Za myšlenkově,,nejdalekosáhlejší a nejdůležitější“ spisy tu Nietzsche pokládá dva. Jednak „předehru k filosofii budoucnosti“, napsanou v létě 1885 pod názvem Mimo dobro a zlo (Jenseits von Gut und Böse), jež sice fiká totéž co Zarathustra, „ale jinak, velice jinak“, jednak polemický spis Ke genealogii morálky (Zur Genealogie der Mora!, z července 1887), jenž obsahuje „morálně historické studie“, související těsně s knihou předešlou. Pak následují již jen drobné spisky, dodatečně osvětlující leccos z minulosti. Je to Případ Wagner (Der Fall Wagner, 1888) a současně chystaný spisek s ironickým názvem Soumrak bůžků, aneb jak se filosofuje kladivem (Gótzendämmerung oder:wieman mit dem Hammer philosophiert), Nietzschova „filosofie in nuce—radikální až k zločinu“. Doplněním k tomu je ještě Nietzsche kontra Wagner. Pak už jsou jen poslední náčrty, zatemnělé postupující chorobou, jež však dosud připouští bleskově přízračné pohledy do básníkova nitra: krutá autobiografie Ecce homo a Antichrist, proklínající křestanství. Mimoto zanechal Nietzsche básnické Dithyramby na Dionýsa.

Vraťme se však k Zarathustrovi. Neuspokojen vědou, vrací se tu Nietzsche v tomto období opět k umění. Ale to, čím ve vědeckém údobí prošel, se mu neztrácí. Zůstává ovlivněn soudobým přírodovědeckým scientismem i s jeho pozitivistickou gnoseologií. Oslavuje svět smyslový, odmítá každou metafysiku. Není nějakého „pravého světa“ mimo tento svět či za tímto světem, jak se říkalo. Bůh je mrtev. Přestože to je pro vyznavače vysněných světů náboženských a filosofických bolestné, musíme se pevně postavit na tuto zemi a smířit se s tím, že není posmrtný život a osobní nesmrtelnost. Svět je konečná suma elementů a sil v nekonečném čase. Tyto elementy se neustále nově přeskupují a kombinují, vytvářejíce střídající se „stavy světa“ (Weltzustände). Jejich počet je ovšem konečný čili opakují se. Po vyčerpání všech možných kombinací musí opět dojít k návratu každého stavu světa. Platí tedy „věčný návrat“ všeho, co tu kdy bylo (ewige Wiederkunft). Pomyšlení na to není zrovna povzbudivé: vrátí se i vše nízké a sprosté. Z tísně a úzkosti, jež vyvolává toto pomyšlení, nás může vyvést jen vědecky pojatá nauka o nadčlověku. Nadčlověk (Übermensch) budiž naším ideálem. A Zarathustra budiž jeho připravovatelem a hlasatelem. Nietzsche si tu vypomáhá domýšlením Darwinovy teorie, jeho vývojové nauky. Proč by měl být člověk posledním, konečným článkem vývojového řetězce živočišstva? Proč by se nedalo jít za něj a nad něj? Proč by člověk nemohl řídit vývoj směrem k nadčlověku? Je jen nutné, aby byl člověk o této možnosti přesvědčen a chtěl ji uskutečnit. To by byl nejvyšší lidský výkon, vycházející z naprostého přitakání životu, z vůle k životu. To však vyžaduje naprosto nový postoj ke světu, k životu, ke všem posavadním tzv. hodnotám. A tu se stává Nietzsche filosofem kultury.